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林业微生物中心是经中国微生物菌种保藏管理委员会常务委员会审议，国家科委批准成立的国家林业微生物菌种保藏管理研究中心。它也是中国微生物菌种保藏管理委员会下属的七个国家专业菌种保藏管理中心之一，包括农业、工业、医药、兽医、医学和公共卫生。现隶属于中国林业科学院森林生态环境与保护研究所。林业微生物中心设有菌种分离培养室、分子鉴定室、真菌和线虫实验室、分子生物学实验室和数据管理室。主要仪器设备包括冷冻干燥设备、超低温冰箱、Biolog微生物鉴定系统、液氮保存设备、分子鉴定设备和常规分子生物学设备。主要负责全国森林微生物菌种资源的收集、保存、管理、供应和交换。目前，已初步了解了我国当时分散保存在各单位的各种微生物菌种的种类、数量、研发状况。
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